Formatosi a partire dalla fine del '700, a seguito della soppressione di enti religiosi e lasciti di provati, il Museo d'Arte vanta un patrimonio di circa tremila dipinti. Esso offre una panoramica della pittura veneta dall'inizio del '300 al '900.
Vi figurano opere di Giotto, Squarciane, Tiziano, Romanino, Bassano, Veronese, Tintoretto, Piazzetta, Tiepolo, ma anche dipinti di artisti stranieri, soprattutto fiamminghi e olandesi.
Il Lapidario raccoglie frammenti architettonico-decorativi provenienti da Padova e territorio.
Della ricca collezione di sculture è esposta la sezione dei bronzetti che documenta una forma espressiva particolarmente fiorente a Padova tra il '400 e il '500.
Le raccolta di arti applicate (ceramiche, gemme, gioielli, tessuti, mobili, avori) e quelle di stampe e disegni sono disponibili alla consultazione degli studiosi.