Celebre per le sue ricchissime raccolte numismache, il Museo venne istituito tra il 1865 e il 1870 grazie al lascito di Nicola Bottacin, che donò alla Città di Padova tutte le collezioni che aveva messo insieme in decenni di ricerche.
Il Museo, ricco di oltre cinquantamila monete, medaglie e sigilli, vanta una delle più importanti collezioni numismatiche nel mondo.
Solo una piccola parte di questo immenso materiale è presentata in una mostra, dedicata alla storia e alla funzione della moneta. Tra i pezzi esposti, alcune monete venetiche (IV-II secolo, a.C.), rarissimi medaglioni romani degli Imperatori Adriano, Settimio Severo e Massenzio, il tremisse longobardo di Aistolfo, monete tratte dalla serie veneziana del Museo, una delle più complete al mondo. Anche se noto soprattutto per le raccolte numismatiche, il Museo Bottacin possiede una importante collezione d'arte moderna, costituita da sculture e pitture ottocentesche (opere di Induno, Querena e Vela), testimonianza del gusto imperante nella commitenza borghese del secolo scorso.